• Молекулярный и генетический анализ некоторых семейств гликозил-гидролаз микроорганизмов Наумов

    ИЕРАРХИЧЕСКАЯ КЛАССИФИКАЦИЯ ГЛИКОЗИЛ-ГИДРОЛАЗ ... Название: Молекулярный и генетический анализ некоторых семейств гликозил-гидролаз микроорганизмов Наумов
    Формат книги: fb2, txt, epub, pdf
    Размер: 1.4 mb
    Скачано: 1510 раз





    ИЕРАРХИЧЕСКАЯ КЛАССИФИКАЦИЯ ГЛИКОЗИЛ-ГИДРОЛАЗ ...
    ГНИИ генетики и селекции промышленных микроорганизмов, 117545 Москва , ... гликозидных связей и молекулярный механизм катализируемой реакции. ... между семействами гликозил-гидролаз, которые относятся к различным .... Однако известны случаи, когда гидролиз некоторых низкомолекулярных ...

    Молекулярный и генетический анализ некоторых семейств гликозил-гидролаз микроорганизмов Наумов

    Первая цифра шифра показывает, к какому из шести классов относится данный фермент, вторая обозначает подкласс в классе, третья - подподкласс, четвертая - порядковый номер фермента в данном подподклассе. В международной классификации действующих на углеводы ферментов (cazy) гликозил-гидролазы на основе сходства аминокислотных последовательностей каталитических доменов объединены в 120 семейств. Эти ферменты катализируют присоединение друг к другу двух молекул, сопряженное с отщеплением остатков фосфорной кислоты от атф или ее аналогов.

    . Различают четыре подподкласса рацемазы и эпимеразы аминокислот и их производных, оксикислот и их производных, углеводов и их производных и других соединений. На гликозидазы и их близкие гомологи приходится около 1 всех известных генов 12.

    Гликозидазы катализируют гидролиз глико-зидной связи по двум различным механизмам (retaining и inverting), приводящим либо к сохранению (путем двойного обращения), либо к обращению аномерной конфигурации субстрата в процессе реакции 46, 19, 4144. За основу взят принцип классификации ферментов по типу химических реакций, которые они катализируют. Для целого ряда гликозилтрансфераз (точнее трансгликозидаз) обнаружено существенное структурное сходство (на уровне первичных или третичных структур) с некоторыми гликозил-гидролазами 11.

    Ключевые слова гликозил-гидролаза, cazy, иерархическая классификация белков, эволюция белков, семейство белков, клан, суперсемейство, подсемейство, поиск гомологов, tim-бочонок, scop, pfam, psi-blast гликозил-гидролазы (гликозидазы или кар-богидразы к. По тривиальной номенклатуре ферменты разделяются в соответствии с характером каталитического действия на дегидразы (отщепляют от субстрата атомы водорода или электроны и переносят их на другой субстрат), оксидазы (акцептором является кислород), гидроксилазы (включают в восстановленный субстрат один атом кислорода) и оксигеназы (вводят в окисляющийся субстрат два атома кислорода). Многие гликозил-гидролазы обладают сложной доменной структурой, а разные домены одного белка часто имеют независимую эволюционную историю.

    Если донатор обозначить а, транспортированную группу - t, фермент - ф, акцептор - д, то эти реакции можно изобразить так а ф он состоит из восьми подклассов. В зависимости от природы остатка в подклассе различают три подкласса особого внимания заслуживают метилтрансферазы, осуществляющие реакции переметилирования. Наиболее изученным ферментом подкласса является карбонат-дегидратаза, или карбоангидраза (карбонат - эти ферменты катализируют реакции внутримолекулярного перемещения различных групп органических веществ.

    Классы представлены полностью, подклассы, подподклассы и индивидуальные ферменты - выборочно, в зависимости от их значения в обмене веществ в организме животных. Гликозил-гидролазы и их гены стали модельными объектами для различных областей биологии исследования дрожжевых лизатов, содержащих инвертазу (к. Эволюционно близкородственные гликозидазы часто различаются по субстратной специфичности 9, 11, 21, 22, а среди гомологов гликозидаз обнаружены ферменты с самыми различными энзиматическими активностями, а также белки, не являющиеся ферментами 11, 23. Огромный экспериментальный материал накоплен в результате исследований механизма действия и специфичности различных глико-зил-гидролаз. Для гликозидаз, действующих на пираноз-ные остатки, было предложено 4, 4648 наряду с механизмом реакции (приводящим либо к сохранению, либо к обращению аномерной конфигурации) учитывать еще аксиальную (как правило, а) или экваториальную (как правило, ß) направленность гидролизуемой гликозидной связи, что позволяет выделить четыре класса ферментов.


    52 УДК 577.15+572.22 БАКТЕРИАЛЬНЫЕ β-ГАЛАКТОЗИДАЗЫ ...


    гликозил-гидролаз, их классификация постоянно обновляется и в ... анализа сделано заключение о том, что все 4 семейства ... являются ферменты большинства бактерий и некоторых дрожжей, внеклеточными – .... β- галактозидазы различных штаммов Е. соli и других микроорганизмов, выделяющиеся.

    Молекулярный и генетический анализ некоторых семейств гликозил-гидролаз микроорганизмов Наумов

    Вестник - ResearchGate
    THE MORPHOLOGY OF SEEDS AND FRUITS SOME RARE CALCIOLE SPECIES. EUROPEAN ...... молекулярных соединений и коллоидной химии;. E -mail: ... классу гидроксил-гидролаз и участвуют в реак- ..... ция гликозил- гидоролаз / Д.Г.Наумов // Биохимия. ...... Анализ генетических баз данных и источни-.
    Молекулярный и генетический анализ некоторых семейств гликозил-гидролаз микроорганизмов Наумов Они способствуют образованию химических связей, что и явилось причиной их названия (от лат. Знание стереохимии реакции гидролиза позволяет предсказать способность фермента к катализу побочной реакции переносу гликозидных остатков между молекулами субстрата (трансгли-козилирование). Например, низкомолекулярный восстанавливающий (редуцирующий) гексасахарид c36h62o3i может иметь более 1012 разветвленных и линейных изомеров 37, Многие гликозил-гидролазы обладают сложной доменной структурой, а разные домены одного белка часто имеют независимую эволюционную историю. Каждый класс ферментов подразделяется на подклассы, Для гликозидаз, действующих на пираноз-ные остатки, было предложено 4, 4648 наряду с механизмом реакции (приводящим либо к сохранению, либо к обращению аномерной конфигурации) учитывать еще аксиальную (как правило.
  • Биологически активные вещества растений - Информационно ...


    Все известные ферменты делятся на шесть классов 1 - оксидоредуктазы 2 - трансферазы 3 - гидролазы 4 - лиазы 5 - изомеразы 6 - лигазы (синтетазы). За основу взят принцип классификации ферментов по типу химических реакций, которые они катализируют. Для целого ряда гликозилтрансфераз (точнее трансгликозидаз) обнаружено существенное структурное сходство (на уровне первичных или третичных структур) с некоторыми гликозил-гидролазами 11. Так, фермент, расщепляющий гидролитически пептидную связь между двумя остатками глицина (глицилглицина), называется , его шифр - кф 3. Гликозил-гидролазы и их гены стали модельными объектами для различных областей биологии исследования дрожжевых лизатов, содержащих инвертазу (к.

    Подкласс состоит из шести подподклассов гидролазы эфиров карбоновых кислот, тиоловых эфиров, фосфомоноэфиров, фосфодиэфиров, трифосфомоноэфиров и сульфоэфиров. Так возникли тривиальные названия ряда классов (например, гидролазы), групп (пептидазы) и отдельных представителей (амилаза) ферментов. Ферменты одного клана не только обладают эволюционным родством кодирующих их генов, но и имеют одинаковые важнейшие функциональные характеристики строение активного центра, стереохимию расщепляемых гликозидных связей и молекулярный механизм катализируемой реакции. На гликозидазы и их близкие гомологи приходится около 1 всех известных генов 12. Для гликозидаз, действующих на пираноз-ные остатки, было предложено 4, 4648 наряду с механизмом реакции (приводящим либо к сохранению, либо к обращению аномерной конфигурации) учитывать еще аксиальную (как правило, а) или экваториальную (как правило, ß) направленность гидролизуемой гликозидной связи, что позволяет выделить четыре класса ферментов.

    Первая цифра шифра показывает, к какому из шести классов относится данный фермент, вторая обозначает подкласс в классе, третья - подподкласс, четвертая - порядковый номер фермента в данном подподклассе. Традиционная (биохимическая) номенклатура гликозидаз основана исключительно на их субстратной специфичности и лишь иногда (в случае амилаз к. В зависимости от природы остатка в подклассе различают три подкласса особого внимания заслуживают метилтрансферазы, осуществляющие реакции переметилирования. Они способствуют образованию химических связей, что и явилось причиной их названия (от лат. Эволюционно близкородственные гликозидазы часто различаются по субстратной специфичности 9, 11, 21, 22, а среди гомологов гликозидаз обнаружены ферменты с самыми различными энзиматическими активностями, а также белки, не являющиеся ферментами 11, 23. В начале шифра ставится две буквы-к (классификация ферментов) - и четыре числа, разделенных между собой точками, - четырехзначный десятичный код фермента. Большое разнообразие известных энзимати-ческих активностей гликозил-гидролаз связано с огромным числом их природных субстратов ди-, олиго- и полисахаридов, а также их произ- водных. Удф-глюкозу в удф-галактозу, необходимую для биосинтеза лактозы (при участии над и ионов mg эти ферменты катализируют взаимопревращения альдоз и кетоз. N-метилникотинамида за счет переноса метильной группы с активного метионина на никотинамид широко распространены в тканях карбоксил- и карбамоилтрансферазы, катализирующие перенос cooh- и coo-nh -групп. Затем открыты ферменты, осуществляющие негидролитический распад сложных веществ, - десмолазы, или лиазы, и др.

    31 май 2013 ... На молекулярном, клеточном и организменном уровнях ..... Максимова В.П. Изучение свойств препаратов гидролаз разного ... ских растений семейства Lamiaceae. ...... ющих на примере пяти культур тест-микроорганизмов. .... Проведен молекулярно-генетический анализ 16 гибридных ли-.

    Номенклатура и классификация ферментов - Биохимия животных

    К первым ферментам, открытым биохимиками, относятся гидролазы. Затем открыты ферменты, осуществляющие негидролитический распад сложных ...
  • 100 великих афер Мусский И.А.
  • 100 великих достижений в мире техники
  • 100 великих изобретений К. В. Рыжов
  • 100 великих мистических тайн Бернацкий А.С.
  • 100 великих олимпийский чемпионов Малов В.И.
  • 100 величайших битв и сражений Спектор А.А.
  • 100 и двенадцать стульев
  • Патофизиология. Учебник Новицкий В. В.
  • Физиология сердечно-сосудистой системы Д. Морман, Л. Хеллер
  • Коррекция речи у детей, Взгляд ортодонта, Костина Я.В., Чапал В.М
  • Алкоголизм. Руководство для врачей Под ред. Иванца Н.Н.
  • Патогенез и консервативное лечение тяжелых стадий облитерирующего атеросклероза артерий нижних конечностей Савельев В.С. Кошкин В.М.
  • Акушерство и гинекология - Кулаков В.И. - Клинические рекомендации
  • Справочник по эхокардиографии - Вилькенсхоф У.
  • Молекулярный и генетический анализ некоторых семейств гликозил-гидролаз микроорганизмов Наумов

NEW

[dcufut]